В русском языке безударного "ё" нет. Ясно, что Ё в этих словах имеет разное "происхождение": во втором слове нормативисты, видимо, "оправдывают" его появление тем, что это заимствование и в нём фонема <'o> последовательно отражена (искусственно, надо сказать) в позиционно не изменяемом виде.
А в первом слове написание через "ё" отражает второе, слабое ударение? А может, это не устранённый по недосмотру "реликт" старого написания через дефис (подобно "тёмно-серый")? Лично я не слышал, чтобы первое слово произносилось через "ё". В ЩЕЛОЧНОЗЕМЕЛЬНЫЙ мне слышится ЩЕЛОЧНОЙ, а не "ЩЁЛОЧНЫЙ".
На ГРАМОТА.РУ
в словаре Кузнецова: ШЁЛОЧНОЗЕМЕЛЬНЫЙ,
в словаре Лопатина: ЩЁЛОЧНО-ЗЕМЕЛЬНЫЙ, что противоречит правилам, так как прилагательное образовано от словосочетания ЩЕЛОЧНАЯ ЗЕМЛЯ, а не от ЩЁЛОЧЬ.
